mirror of
https://github.com/chanzuckerberg/cellxgene.git
synced 2026-10-03 23:48:12 +08:00
wire up geneset reducer (#2082)
* first cut at GET /genesets route * update existing tests to match code changes * more GET /genesets and initial tests * add missing test fixture * geneset validation accepts OTA format * genesets route: better error handling, more tests * lint * genesets reducer and initial load * fix lint * add autosave support for genesets * remove debug logging * fix typo * fix another typo * update smoke test config for genesets * smoke test fixes * more fiddling with smoke tests
This commit is contained in:
Bruce Martin
@@ -0,0 +1,524 @@
|
||||
import genesetsReducer from "../../src/reducers/genesets";
|
||||
|
||||
describe("initial reducer state", () => {
|
||||
test("some other action", () => {
|
||||
expect(genesetsReducer(undefined, { type: "foo" })).toMatchObject({
|
||||
initialized: false,
|
||||
lastTid: undefined,
|
||||
genesets: new Map(),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: initial load", () => {
|
||||
test("missing JSON response", () => {
|
||||
expect(() =>
|
||||
genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
})
|
||||
).toThrow("missing or malformed JSON response");
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("empty geneset", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 0,
|
||||
genesets: [],
|
||||
},
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
initialized: true,
|
||||
lastTid: 0,
|
||||
genesets: new Map(),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("non-empty geneset", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 99,
|
||||
genesets: [
|
||||
{
|
||||
geneset_name: "G1",
|
||||
genes: [{ gene_symbol: "F5" }],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
geneset_name: "G2",
|
||||
geneset_description: "G2 desc",
|
||||
genes: [{ gene_symbol: "F6" }],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
geneset_name: "G3",
|
||||
geneset_description: "G3 desc",
|
||||
genes: [{ gene_symbol: "F7", gene_description: "gene desc" }],
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
initialized: true,
|
||||
lastTid: 99,
|
||||
genesets: new Map([
|
||||
[
|
||||
"G1",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "G1",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
genes: new Map([["F5", { geneSymbol: "F5", geneDescription: "" }]]),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
[
|
||||
"G2",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "G2",
|
||||
genesetDescription: "G2 desc",
|
||||
genes: new Map([["F6", { geneSymbol: "F6", geneDescription: "" }]]),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
[
|
||||
"G3",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "G3",
|
||||
genesetDescription: "G3 desc",
|
||||
genes: new Map([
|
||||
["F7", { geneSymbol: "F7", geneDescription: "gene desc" }],
|
||||
]),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
]),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: create", () => {
|
||||
const initialState = genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 0,
|
||||
genesets: [],
|
||||
},
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("simple create", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "a geneset",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
...initialState,
|
||||
genesets: new Map([
|
||||
[
|
||||
"a geneset",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "a geneset",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
genes: new Map(),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
]),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("error - duplicate name", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
genesetDescription: "foo",
|
||||
}),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
genesetDescription: "bar",
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
}).toThrow("name already defined");
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("error - missing required action values", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetDescription: "foo",
|
||||
});
|
||||
}).toThrow();
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
});
|
||||
}).toThrow("name or description unspecified");
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: delete", () => {
|
||||
const initialState = genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 0,
|
||||
genesets: [],
|
||||
},
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("simple delete", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
genesetDescription: "foo",
|
||||
}),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: delete",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
}
|
||||
)
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
initialized: true,
|
||||
lastTid: 0,
|
||||
genesets: new Map(),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("error - missing name", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: delete",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
});
|
||||
}).toThrow("name does not exist");
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: update", () => {
|
||||
const initialState = genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 0,
|
||||
genesets: [],
|
||||
},
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("simple update", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "foo1",
|
||||
genesetDescription: "foo1",
|
||||
}),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "foo2",
|
||||
genesetDescription: "foo2",
|
||||
}
|
||||
),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: update",
|
||||
genesetName: "foo1",
|
||||
update: {
|
||||
genesetName: "bar",
|
||||
genesetDescription: "bar",
|
||||
},
|
||||
}
|
||||
)
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
initialized: true,
|
||||
lastTid: 0,
|
||||
genesets: new Map([
|
||||
[
|
||||
"bar",
|
||||
{ genesetName: "bar", genesetDescription: "bar", genes: new Map() },
|
||||
],
|
||||
[
|
||||
"foo2",
|
||||
{ genesetName: "foo2", genesetDescription: "foo2", genes: new Map() },
|
||||
],
|
||||
]),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("error - unknown name", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: update",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
update: {
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
genesetDescription: "bar",
|
||||
},
|
||||
});
|
||||
}).toThrow("name unspecified or does not exist");
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("error - duplicate name", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
genesetDescription: "foo",
|
||||
}),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: update",
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
update: {
|
||||
genesetName: "foo",
|
||||
genesetDescription: "foo",
|
||||
},
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
}).toThrow("update specified existing name");
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: add genes", () => {
|
||||
const initialState = genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 0,
|
||||
genesets: [],
|
||||
},
|
||||
}),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
|
||||
test("add a gene", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: add genes",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genes: [{ geneSymbol: "F5" }],
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
...initialState,
|
||||
genesets: new Map([
|
||||
[
|
||||
"test",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
genes: new Map([["F5", { geneSymbol: "F5", geneDescription: "" }]]),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
]),
|
||||
});
|
||||
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: add genes",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genes: [
|
||||
{ geneSymbol: "F5", geneDescription: "desc" },
|
||||
{ geneSymbol: "SET1", geneDescription: "" },
|
||||
],
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
...initialState,
|
||||
genesets: new Map([
|
||||
[
|
||||
"test",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
genes: new Map([
|
||||
["F5", { geneSymbol: "F5", geneDescription: "desc" }],
|
||||
["SET1", { geneSymbol: "SET1", geneDescription: "" }],
|
||||
]),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
]),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("no such geneset error", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: add genes",
|
||||
genesetName: "mumble",
|
||||
genes: [],
|
||||
});
|
||||
}).toThrow("geneset name does not exist");
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: delete genes", () => {
|
||||
const initialState = genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 0,
|
||||
genesets: [],
|
||||
},
|
||||
}),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
}
|
||||
),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: add genes",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genes: [{ geneSymbol: "F5" }],
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
|
||||
test("simple", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: delete genes",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
geneSymbols: ["F5"],
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
...initialState,
|
||||
genesets: new Map([
|
||||
[
|
||||
"test",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
genes: new Map(),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
]),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("no such geneset error", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: delete genes",
|
||||
genesetName: "mumble",
|
||||
geneSymbols: [],
|
||||
});
|
||||
}).toThrow("name does not exist");
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: set gene description", () => {
|
||||
const initialState = genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: initial load",
|
||||
data: {
|
||||
tid: 0,
|
||||
genesets: [],
|
||||
},
|
||||
}),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: create",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
}
|
||||
),
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: add genes",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genes: [{ geneSymbol: "F5" }],
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
|
||||
test("simple set", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: set gene description",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
update: {
|
||||
geneSymbol: "F5",
|
||||
geneDescription: "mumble",
|
||||
},
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({
|
||||
...initialState,
|
||||
genesets: new Map([
|
||||
[
|
||||
"test",
|
||||
{
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
genesetDescription: "",
|
||||
genes: new Map([
|
||||
["F5", { geneSymbol: "F5", geneDescription: "mumble" }],
|
||||
]),
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
]),
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("no such geneset error", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: set gene description",
|
||||
genesetName: "does not exist",
|
||||
update: {
|
||||
geneSymbol: "F5",
|
||||
geneDescription: "mumble",
|
||||
},
|
||||
});
|
||||
}).toThrow("geneset name does not exist");
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("no such gene error", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(initialState, {
|
||||
type: "geneset: set gene description",
|
||||
genesetName: "test",
|
||||
update: {
|
||||
geneSymbol: "NO SUCH GENE",
|
||||
geneDescription: "mumble",
|
||||
},
|
||||
});
|
||||
}).toThrow("no such gene");
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
|
||||
describe("geneset: set tid", () => {
|
||||
test("simple set", () => {
|
||||
expect(
|
||||
genesetsReducer(undefined, {
|
||||
type: "geneset: set tid",
|
||||
tid: 1,
|
||||
})
|
||||
).toMatchObject({ lastTid: 1 });
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("not a number error", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
{ lastTid: 1 },
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: set tid",
|
||||
tid: "0",
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
}).toThrow("must be a positive integer");
|
||||
});
|
||||
|
||||
test("decrement error", () => {
|
||||
expect(() => {
|
||||
genesetsReducer(
|
||||
{ lastTid: 1 },
|
||||
{
|
||||
type: "geneset: set tid",
|
||||
tid: 0,
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
}).toThrow("may not be decremented");
|
||||
});
|
||||
});
|
||||
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