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cellxgene/backend/test/test_api.py
Charlotte Weaver e84793ede9 Add backend to cellxgene repo
2018-06-01 11:16:23 -07:00

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Python
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import unittest
import requests
import os
class EndPoints(unittest.TestCase):
"""Test Case for endpoints"""
def setUp(self):
# Local
self.url_base = "http://0.0.0.0:5005/api/" + "v2.0/"
# Dev
# self.url_base = "http://api-dev.clustering.czi.technology/api/v0.1/"
# Prod
# self.url_base = "http://api.clustering.czi.technology/api/v0.1/"
self.session = requests.Session()
def test_cells(self):
url = "{base}{endpoint}?{params}".format(base=self.url_base, endpoint="cells", params="&".join(
[ "louvain=B cells"]))
result = self.session.get(url)
assert result.status_code == 200
result_data = result.json()
assert "B cells" in result_data["data"]["ranges"]["louvain"]["options"]
url = "{base}{endpoint}?{params}".format(base=self.url_base, endpoint="cells", params="&".join(
["louvain=B cells", "louvain=Megakaryocytes"]))
result = self.session.get(url)
assert result.status_code == 200
result_data = result.json()
assert "Megakaryocytes" in result_data["data"]["ranges"]["louvain"]["options"]
def test_initialize(self):
url = "{base}{endpoint}".format(base=self.url_base, endpoint="initialize")
result = self.session.get(url)
assert result.status_code == 200
result_data = result.json()
data = {'data': {'cellcount': 2638, 'genes': ['TNFRSF4', 'CPSF3L', 'ATAD3C', 'C1orf86', 'RER1', 'TNFRSF25', 'TNFRSF9', 'CTNNBIP1', 'SRM', 'UBIAD1', 'DRAXIN', 'TNFRSF1B', 'PRDM2', 'EFHD2', 'DDI2', 'SPEN', 'SDHB', 'CAPZB', 'CAMK2N1', 'CDA', 'C1QA', 'C1QC', 'C1QB', 'ZNF436', 'MDS2', 'PITHD1', 'HMGCL', 'TMEM50A', 'LDLRAP1', 'RP11-70P17.1', 'STMN1', 'PDIK1L', 'ZNF593', 'TMEM222', 'PPP1R8', 'PTAFR', 'PHACTR4', 'SNHG12', 'TAF12', 'YTHDF2', 'PUM1', 'SPOCD1', 'TMEM234', 'HDAC1', 'MARCKSL1', 'SMIM12', 'AGO4', 'TRAPPC3', 'EVA1B', 'RRAGC', 'PPIE', 'TRIT1', 'PPT1', 'SMAP2', 'ZFP69', 'CITED4', 'C1orf50', 'EBNA1BP2', 'ST3GAL3', 'DMAP1', 'ERI3', 'PRDX1', 'FAAH', 'ATPAF1', 'EFCAB14', 'PDZK1IP1', 'TAL1', 'SPATA6', 'ZCCHC11', 'SCP2', 'HSPB11', 'SSBP3', 'ACOT11', 'PARS2', 'ATG4C', 'PGM1', 'LRRIQ3', 'ACADM', 'USP33', 'IFI44', 'RP5-887A10.1', 'PRKACB', 'SH3GLB1', 'PKN2', 'GTF2B', 'GBP1', 'GBP4', 'LRRC8C', 'TMED5', 'RP11-421L21.3', 'HENMT1', 'TMEM167B', 'SARS', 'LAMTOR5', 'DRAM2', 'CEPT1', 'DENND2D', 'CHI3L2', 'C1orf162', 'ST7L', 'LRIG2', 'AP4B1-AS1', 'RP5-1073O3.7', 'CD2', 'WARS2', 'FCGR1B', 'LIX1L', 'CD160', 'FCGR1A', 'BOLA1', 'CTSS', 'FAM63A', 'PRUNE', 'MLLT11', 'PI4KB', 'C2CD4D', 'THEM4', 'S100A11', 'S100A12', 'S100A8', 'S100A6', 'SNAPIN', 'CRTC2', 'SLC39A1', 'UBE2Q1', 'CKS1B', 'SLC50A1', 'RIT1', 'PMF1', 'BGLAP', 'GPATCH4', 'ISG20L2', 'HDGF', 'FCRL2', 'CD1C', 'AIM2', 'FCER1A', 'FCRL6', 'DCAF8', 'PEX19', 'CD48', 'F11R', 'PFDN2', 'NIT1', 'DEDD', 'FCER1G', 'FCGR2A', 'FCGR3A', 'FCGR2B', 'FCGR3B', 'FCRLA', 'TMCO1', 'CD247', 'MPC2', 'XCL2', 'XCL1', 'BLZF1', 'F5', 'SELL', 'FMO4', 'KIAA0040', 'QSOX1', 'DHX9', 'NCF2', 'COLGALT2', 'RGS18', 'ZBTB41', 'CSRP1', 'IPO9-AS1', 'PTPN7', 'RABIF', 'SOX13', 'IL24', 'CR1', 'RP1-28O10.1', 'G0S2', 'TRAF3IP3', 'LPGAT1', 'DUSP10', 'RP11-378J18.3', 'DISP1', 'TP53BP2', 'CNIH4', 'LBR', 'SRP9', 'ACBD3', 'PARP1', 'SNAP47', 'C1orf35', 'OBSCN', 'RNF187', 'URB2', 'C1orf198', 'GNPAT', 'SPRTN', 'RP5-827C21.4', 'COA6', 'RP4-781K5.2', 'FH', 'SDCCAG8', 'ACP1', 'TMEM18', 'TSSC1', 'TRAPPC12-AS1', 'ID2', 'KLF11', 'ODC1', 'LPIN1', 'DDX1', 'RDH14', 'ITSN2', 'DNAJC27', 'DNMT3A', 'ASXL2', 'KIF3C', 'MPV17', 'SNX17', 'FOSL2', 'DPY30', 'FAM98A', 'CDC42EP3', 'LINC00211', 'PIGF', 'FBXO11', 'EML6', 'MTIF2', 'CCT4', 'PELI1', 'LGALSL', 'CEP68', 'ACTR2', 'NFU1', 'SNRNP27', 'MPHOSPH10', 'CCT7', 'STAMBP', 'BOLA3', 'PCGF1', 'MRPL19', 'TRABD2A', 'TGOLN2', 'MAT2A', 'VAMP8', 'VAMP5', 'GNLY', 'RMND5A', 'MAL', 'ZAP70', 'EIF5B', 'TGFBRAP1', 'TMEM87B', 'IL1B', 'RABL2A', 'RP11-141B14.1', 'C2orf76', 'TMEM177', 'CCDC115', 'PLEKHB2', 'ZRANB3', 'R3HDM1', 'UBXN4', 'ACVR2A', 'MMADHC', 'PSMD14', 'GCA', 'FASTKD1', 'PPIG', 'METTL8', 'SLC25A12', 'MLTK', 'OLA1', 'NFE2L2', 'TTC30A', 'PLEKHA3', 'TTN-AS1', 'DNAJC10', 'ZC3H15', 'SLC40A1', 'ANKAR', 'C2orf88', 'NABP1', 'SDPR', 'SF3B1', 'PLCL1', 'TYW5', 'ORC2', 'NOP58', 'BMPR2', 'ICOS', 'NDUFS1', 'METTL21A', 'IDH1', 'TNS1', 'CXCR1', 'RNF25', 'CYP27A1', 'GMPPA', 'STK11IP', 'SERPINE2', 'DOCK10', 'MFF', 'TRIP12', 'ATG16L1', 'RAMP1', 'NDUFA10', 'GPR35', 'MTERFD2', 'PASK', 'HDLBP', 'DTYMK', 'ING5', 'PDCD1', 'THUMPD3', 'SETD5', 'ARPC4', 'RPUSD3', 'JAGN1', 'ATG7', 'TMEM40', 'SLC6A6', 'CCDC174', 'UBE2E1', 'TOP2B', 'SLC4A7', 'CMTM7', 'GLB1', 'CRTAP', 'CSRNP1', 'EIF1B', 'ENTPD3-AS1', 'CTNNB1', 'VIPR1', 'NKTR', 'ABHD5', 'ELP6', 'NME6', 'TREX1', 'UQCRC1', 'ARIH2OS', 'QRICH1', 'USP19', 'GPX1', 'TCTA', 'IP6K1', 'FAM212A', 'RBM5', 'GNAI2', 'NPRL2', 'C3orf18', 'HEMK1', 'CISH', 'GLYCTK', 'PBRM1', 'PRKCD', 'CCDC66', 'ARF4', 'DENND6A', 'DNASE1L3', 'THOC7', 'SUCLG2', 'EOGT', 'ARL6IP5', 'PROK2', 'C3orf38', 'MINA', 'TBC1D23', 'NIT2', 'BBX', 'CD47', 'CD96', 'TIGIT', 'B4GALT4', 'TIMMDC1', 'FSTL1', 'HGD', 'GOLGB1', 'EAF2', 'KPNA1', 'PDIA5', 'GATA2', 'RAB7A', 'GP9', 'ISY1', 'ACPP', 'NPHP3', 'UBA5', 'CDV3', 'RAB6B', 'ANAPC13', 'NMNAT3', 'RNF7', 'U2SURP', 'GYG1', 'SIAH2', 'GPR171', 'MBNL1-AS1', 'LINC00886', 'MFSD1', 'SPTSSB', 'RPL22L1', 'TNFSF10', 'ZMAT3', 'RP11-145M9.4', 'ACTL6A', 'TTC14', 'LAMP3', 'KLHL6', 'KLHL24', 'YEATS2', 'PARL', 'SENP2', 'RPL39L', 'RP11-211G3.2', 'IL1RAP', 'FAM43A', 'PPP1R2', 'PCYT1A', 'RNF168', 'PIGX', 'ZNF718', 'PDE6B', 'IDUA', 'SPON2', 'MAEA', 'SLBP', 'ZFYVE28', 'ADD1', 'MFSD10', 'LYAR', 'STX18', 'JAKMIP1', 'AC093323.3', 'S100P', 'GRPEL1', 'FGFBP2', 'MED28', 'DHX15', 'ANAPC4', 'RBPJ', 'PGM2', 'RFC1', 'SMIM14', 'UBE2K', 'COMMD8', 'OCIAD1', 'CHIC2', 'TMEM165', 'PAICS', 'SRP72', 'HOPX', 'IGFBP7', 'YTHDC1', 'IGJ', 'GRSF1', 'IL8', 'PF4', 'PPBP', 'CXCL3', 'CXCL2', 'EREG', 'RCHY1', 'SDAD1', 'CXCL10', 'NUP54', 'SEPT11', 'MRPL1', 'ANTXR2', 'SEC31A', 'COPS4', 'HELQ', 'ARHGAP24', 'SNCA', 'DNAJB14', 'MANBA', 'UBE2D3', 'PPA2', 'INTS12', 'TBCK', 'OSTC', 'PLA2G12A', 'SNHG8', 'C4orf3', 'SPRY1', 'PGRMC2', 'C4orf33', 'RP11-102N12.3', 'ZNF330', 'USP38', 'LSM6', 'LRBA', 'RP11-18H21.1', 'PLRG1', 'PALLD', 'RWDD4', 'RP11-701P16.5', 'KIAA1430', 'MARCH6', 'C5orf42', 'FYB', 'FBXO4', 'NNT-AS1', 'EMB', 'MOCS2', 'GZMK', 'GZMA', 'ZSWIM6', 'DIMT1', 'CWC27', 'TRIM23', 'PIK3R1', 'NAIP', 'GTF2H2', 'NSA2', 'CTD-2015H6.3', 'ZCCHC9', 'ARRDC3', 'RIOK2', 'DCP2', 'AP3S1', 'COMMD10', 'CEP120', 'ISOC1', 'HINT1', 'SLC22A4', 'C5orf56', 'KIF3A', 'C5orf15', 'CTB-113I20.2', 'PPP2CA', 'DDX46', 'H2AFY', 'KDM3B', 'MZB1', 'UBE2D2', 'PURA', 'HBEGF', 'ANKHD1', 'SRA1', 'NDUFA2', 'WDR55', 'DIAPH1', 'RNF14', 'NR3C1', 'YIPF5', 'PRELID2', 'LARS', 'CSNK1A1', 'CCDC69', 'SPARC', 'FAXDC2', 'HAVCR2', 'MED7', 'UBLCP1', 'TTC1', 'CCNG1', 'RARS', 'ATP6V0E1', 'UIMC1', 'LMAN2', 'RGS14', 'DOK3', 'SCGB3A1', 'RP11-532F6.3', 'SERPINB1', 'LYRM4', 'F13A1', 'RIOK1', 'TMEM14C', 'TMEM14B', 'PHACTR1', 'NOL7', 'MCUR1', 'JARID2', 'GMPR', 'ACOT13', 'RP11-367G6.3', 'HIST1H2AC', 'BTN3A2', 'BTN3A1', 'ABT1', 'HIST1H2BJ', 'HIST1H2AH', 'HIST1H1B', 'FLOT1', 'IER3', 'XXbac-BPG299F13.17', 'NFKBIL1', 'LTB', 'LST1', 'NCR3', 'AIF1', 'CSNK2B', 'LY6G5B', 'LY6G6F', 'C6orf25', 'EHMT2', 'PPT2-EGFL8', 'AGPAT1', 'HLA-DRB1', 'HLA-DQA1', 'HLA-DQB1', 'HLA-DOB', 'PSMB8', 'HLA-DMB', 'HLA-DMA', 'HLA-DPA1', 'HLA-DPB1', 'RGL2', 'TAPBP', 'DEF6', 'FKBP5', 'STK38', 'SRSF3', 'OARD1', 'TREML1', 'RPL7L1', 'PTCRA', 'CNPY3', 'KLC4', 'CRIP3', 'ABCC10', 'YIPF3', 'GTPBP2', 'RSPH9', 'MRPS18A', 'PLA2G7', 'CD2AP', 'MCM3', 'PHF3', 'SH3BGRL2', 'ELOVL4', 'SNX14', 'SLC35A1', 'PNRC1', 'LYRM2', 'MAP3K7', 'MANEA-AS1', 'NDUFAF4', 'SNX3', 'CDC40', 'CDK19', 'HDAC2', 'ZUFSP', 'CEP85L', 'SMPDL3A', 'ECHDC1', 'ARHGAP18', 'SAMD3', 'LINC01013', 'TBPL1', 'SGK1', 'RP3-325F22.5', 'ABRACL', 'LTV1', 'SF3B5', 'STX11', 'RP11-545I5.3', 'PPIL4', 'GINM1', 'PCMT1', 'TMEM242', 'SNX9', 'SERAC1', 'DYNLT1', 'RP1-111C20.4', 'WTAP', 'ACAT2', 'TCP1', 'AC147651.3', 'NUDT1', 'BRAT1', 'IQCE', 'TNRC18', 'DAGLB', 'C7orf26', 'PHF14', 'ARL4A', 'HDAC9', 'IL6', 'NUPL2', 'AC005082.12', 'SKAP2', 'JAZF1', 'CHN2', 'GARS', 'NT5C3A', 'HERPUD2', 'STK17A', 'BLVRA', 'URGCP', 'UBE2D4', 'LINC00957', 'AEBP1', 'POLD2', 'DDX56', 'CCM2', 'CCT6A', 'ERV3-1', 'ZNF92', 'GUSB', 'RP11-792A8.4', 'LAT2', 'RFC2', 'YWHAG', 'FGL2', 'TMEM60', 'ABCB1', 'RBM48', 'SAMD9L', 'GNG11', 'BET1', 'ARPC1B', 'LRCH4', 'ALKBH4', 'DNAJC2', 'CTB-152G17.6', 'PRKAR2B', 'HBP1', 'PNPLA8', 'CAPZA2', 'SND1', 'ATP6V1F', 'TSPAN33', 'RP11-138A9.2', 'MKLN1', 'EXOC4', 'TMEM140', 'WDR91', 'MRPS33', 'RP5-894A10.2', 'SSBP1', 'ZYX', 'ZNF212', 'ZNF467', 'ATP6V0E2', 'GIMAP7', 'GIMAP4', 'GIMAP2', 'GIMAP5', 'CHPF2', 'SMARCD3', 'LINC01003', 'RP11-5C23.1', 'PAXIP1-AS1', 'PTPRN2', 'GTPBP6', 'ARSD', 'RP11-706O15.1', 'HCCS', 'ARHGAP6', 'PRPS2', 'RAB9A', 'REPS2', 'SH3KBP1', 'SMS', 'PRDX4', 'SAT1', 'ZFX', 'MID1IP1', 'KRBOX4', 'CDK16', 'RBM3', 'PQBP1', 'SLC35A2', 'OTUD5', 'PRAF2', 'WDR45', 'GPKOW', 'SYP', 'CCDC22', 'MAGEH1', 'PJA1', 'PDZD11', 'NONO', 'P2RY10', 'ITM2A', 'SYTL4', 'BTK', 'ARMCX5', 'BEX4', 'TCEAL8', 'TCEAL4', 'MORF4L2', 'NXT2', 'WDR44', 'PGRMC1', 'RNF113A', 'NKAP', 'LAMP2', 'CUL4B', 'C1GALT1C1', 'RP1-315G1.3', 'SLC25A14', 'HPRT1', 'FAM127A', 'FHL1', 'IDH3G', 'PDZD4', 'TKTL1', 'MPP1', 'FBXO25', 'TDRP', 'MYOM2', 'LONRF1', 'DMTN', 'SLC39A14', 'ADAM28', 'CLU', 'PNOC', 'HMBOX1', 'IDO1', 'RP11-589C21.6', 'AP3M2', 'VDAC3', 'SLC20A2', 'FNTA', 'LYPLA1', 'NSMAF', 'RAB2A', 'CHD7', 'RRS1', 'C8orf44', 'STAU2', 'ZBTB10', 'RP11-219B4.7', 'CA2', 'TMEM55A', 'KIAA1429', 'DPY19L4', 'MTERFD1', 'CPQ', 'POLR2K', 'ATP6V1C1', 'NUDCD1', 'MED30', 'DERL1', 'WDYHV1', 'RNF139', 'KIAA0196', 'SLA', 'CASC7', 'LYPD2', 'TOP1MT', 'NAPRT1', 'SHARPIN', 'MAF1', 'VPS28', 'RCL1', 'CD274', 'CDKN2A', 'DNAJA1', 'AQP3', 'ENHO', 'GALT', 'STOML2', 'CD72', 'TPM2', 'GNE', 'PAX5', 'FXN', 'ABHD17B', 'VPS13A', 'TLE4', 'SPIN1', 'FAM120A', 'C9orf3', 'PTCH1', 'ERCC6L2', 'HEMGN', 'TRIM14', 'INVS', 'SMC2', 'CTNNAL1', 'INIP', 'GSN', 'PTGS1', 'ARPC5L', 'GOLGA1', 'SCAI', 'PPP6C', 'PTGES2', 'C9orf16', 'TRUB2', 'TOR1A', 'USP20', 'POMT1', 'UCK1', 'SETX', 'GFI1B', 'GBGT1', 'SURF6', 'SURF1', 'SARDH', 'RXRA', 'FCN1', 'C9orf69', 'EGFL7', 'TMEM141', 'RABL6', 'PHPT1', 'PTGDS', 'C9orf142', 'CLIC3', 'NELFB', 'MRPL41', 'C9orf37', 'IDI1', 'AKR1C3', 'ATP5C1', 'SEC61A2', 'NUDT5', 'CDC123', 'CAMK1D', 'FAM107B', 'RP11-398C13.6', 'RP11-390B4.5', 'MLLT10', 'ARHGAP21', 'ENKUR', 'MAP3K8', 'KIF5B', 'RP11-324I22.4', 'RP11-162G10.5', 'ZNF32', 'ZFAND4', 'NCOA4', 'ZWINT', 'CISD1', 'UBE2D1', 'TFAM', 'REEP3', 'SIRT1', 'PBLD', 'HNRNPH3', 'SRGN', 'TACR2', 'TSPAN15', 'PRF1', 'MICU1', 'CAMK2G', 'RP11-178G16.4', 'ZNF503', 'PPIF', 'ATAD1', 'IFIT2', 'IFIT1', 'IFIT5', 'MARCH5', 'EXOC6', 'BLNK', 'ARHGAP19', 'FRAT1', 'NDUFB8-1', 'MRPL43', 'LZTS2', 'FBXW4', 'TRIM8', 'C10orf32', 'GSTO1', 'XPNPEP1', 'SHOC2', 'VTI1A', 'PRDX3', 'PLEKHA1', 'BUB3', 'OAT', 'CTBP2', 'MGMT', 'GLRX3', 'STK32C', 'ECHS1', 'SYCE1', 'SCGB1C1', 'IFITM3', 'PHRF1', 'IRF7', 'TMEM80', 'TALDO1', 'MOB2', 'TNNI2', 'KCNQ1OT1', 'SLC22A18AS', 'NAP1L4', 'CARS', 'ZNF195', 'TIMM10B', 'TAF10', 'RIC3', 'TMEM9B', 'DENND5A', 'SWAP70', 'ZBED5-AS1', 'PSMA1', 'SAAL1', 'CAT', 'PRR5L', 'API5', 'CD82', 'PEX16', 'DGKZ', 'DDB2', 'MADD', 'CELF1', 'MTCH2', 'FNBP4', 'UBE2L6', 'TMX2', 'CTNND1', 'RP11-142C4.6', 'MS4A6A', 'MS4A1', 'PTGDR2', 'PRPF19', 'TMEM138', 'SDHAF2', 'FADS1', 'AP003733.1', 'UBXN1', 'GNG3', 'TAF6L', 'RP11-727F15.9', 'OTUB1', 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