From 77406e40a3bd3babebbf96b471e58aa2fa7384d3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: XXAY <2606432452@qq.com> Date: Sat, 25 Sep 2021 15:03:07 +0800 Subject: [PATCH] tools --- chart/tools.py | 4 +- file_keep/chart/file/5140330442021126 | 89 +++++++++++++++++++++++++++ file_keep/chart/file/5140430432021117 | 45 ++++++++++++++ templates/chart/Basic.html | 2 +- 4 files changed, 137 insertions(+), 3 deletions(-) create mode 100644 file_keep/chart/file/5140330442021126 create mode 100644 file_keep/chart/file/5140430432021117 diff --git a/chart/tools.py b/chart/tools.py index e478c52..eca0f7a 100644 --- a/chart/tools.py +++ b/chart/tools.py @@ -352,7 +352,7 @@ class="layui-input" style="height: 25px; width:80px;margin-top: 6px"> parameter = ChartParameter(d) print(parameter.input_type) if parameter.input_type in ["rgb", "hex", 'color_name']: - code += f"""{parameter.name}:{parameter.name}, + code += f"""{parameter.name}:{parameter.name}_, """ else: code += f"""{parameter.name}: (document.getElementById("{parameter.name}").value), @@ -384,7 +384,7 @@ class="layui-input" style="height: 25px; width:80px;margin-top: 6px"> }); }) - """ % (i, random_color(), fl, i) + """ % (i, random_color(), fl, i + "_") return code diff --git a/file_keep/chart/file/5140330442021126 b/file_keep/chart/file/5140330442021126 new file mode 100644 index 0000000..96e57e5 --- /dev/null +++ b/file_keep/chart/file/5140330442021126 @@ -0,0 +1,89 @@ +HMMER： +在线使用：https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/phmmer +下载：http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip（将网址放在迅雷网盘进行下载，该文件含有readme.txt可参考使用） + +功能：用于搜索同源蛋白序列以及蛋白序列对位排序，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度和更高的搜索速度，HMMER的程序如下，注意每个程序都是输出文件在前面，输入文件在后面 +phmmer:功能：与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库 +格式：phmmer [-options] +输入：你要检测的fasta格式的序列和你要搜索的数据库 +输出匹配的序列和特征：含有score,Taxonomy,Domain,Download +参数：输入的文件格式为fasta格式，蛋白质序列库常用的包括Reference Proteomes,UniProtKB,SwissProt,PDB,Ensembl,输出格式包括tblout、domtblout等，蛋白质数据库需要下载 +jackhmmer:功能：与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库 +格式：jackhmmer [-options] +输入：你要检测的fasta格式的序列和你要搜索的数据库 +输出：匹配的序列及特征，含有score,Taxonomy,Domain,Download +参数：输入的文件格式为fasta格式，蛋白质序列库常用的有Reference Proteomes,UniProtKB,SwissProt,PDB,Ensembl，蛋白质数据库需要下载 +hmmalign:功能 多重序列比对 +格式： hmmalign [-options] +输入：输入是fasta文件 +输出：Stockholm 格式的多重序列比对文件 +参数：输入文件序列格式包括FASTA、EMBL、GenBank、UniProt +输出比对文件格式包括Stockholm、Pfam、A2M、PSIBLAST +hmmbuild:功能：建立参考数据的隐马尔可科夫模型 +格式： hmmbuild [-options] +输入：多重序列比对的文件（Stockholm file） +输出：建立的这些多重序列比对的隐马尔可科夫模型 +参数：输入文件支持很多生物数据格式如：CLUSTALW, SELEX, GCG MSF +输出文件命名时的后缀为.hmm +hmmscan:使用序列搜索HMM库 +格式： hmmscan [-options] +输入：hmm数据库和查询序列文件 +输出：含有Score和Download，hmm数据库所匹配的序列 +参数：HMM数据库有Pfam,TIGRFAM,Gene3D,Superfamily,PIRSF,TreeFam +hmmsearch:功能：在数据库中寻找已经建立好的模体） +格式： hmmsearch [options] +输入：建立好的参考数据模型、要搜索的数据库 +输出：输出结果 +参数：比较序列文件可以是FASTA、EMBL/UniProt、Genbank格式 +输出选项： +-o：直接输出结果到文件，不是标准输出 +--tblout：tblout格式输出 +--domtblout：domtblout格式输出 +--pfamtblout：pfamtblout格式输出 +输出结果中分为两类，一类是针对序列的（full sequence），另一类是针对domain的（主要基于一条序列存在多个domain）。 +结果按照E-values值从小到大排序，形式与blast类似。 +其中target name是每个目标序列的名称； +query name是查询序列的名称； +score是比对得分，分值越高说明越相似； +E-value目标序列的期望值（统计意义）； +最重要的是E-value值，值越小，越可信，相当于一个统计量。 +hmmsim：功能没找到 +格式： hmmsim [-options] +输入：hmm格式的文件 +输出：以sequence为名的一行（2.out） +hmmstat:显示HMM数据库的统计信息 +格式： hmmstat [-options] +输入：hmm格式的文件 +输出：有idx为名的那一行，含有name,accession,nseq,eff_nseq,M,relent,info,p relE,compKL +输出显示：# hmmstat :: display summary statistics for a profile file +# HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/ +# Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute. +# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3). +# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - +# +# idx name accession nseq eff_nseq M relent info p relE compKL +# ---- -------------------- ------------ -------- -------- ------ ------ ------ ------ ------ +1 sequence - 1 0.39 172 0.59 0.59 0.51 0.03 +hmmconvert:功能：转换HMM格式 +格式：hmmconvert [-options] +输入：hmm格式的文件 +输出：hmm格式转换后的文件 +hmmemit:功能：从HMM模型中，得到一个模式序列 +格式： hmmemit [-options] +输入：hmm格式的文件 +输出：模式序列 +输出显示：>sequence-sample1 +IQYNNDSKLYLSLTRGVFKSSKVLAQVSKPPGIDTGTIHTTRRKRIVVDSETKSHELLDT +AGDRYFSFDDYLRRATTLVFLFALNRLRHFRKRNTLCEKIMELHGGDNFPNMLVKSEVSD +QISELDSEQCSLKPLGNAYKIPHVLAGNDVSKENDTGVLQLVRTIRQYIVRTGP +hmmfetch:功能：通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型 +格式： hmmfetch [options] (retrieves HMM named ) +hmmfetch [options] -f (retrieves all HMMs in ) +hmmfetch [options] --index (indexes ) +输入：hmm文件和HMM模型的名字或接受号 +输出：为这个名字或接受号的HMM模型 +hmmpress:格式化HMM数据库，包括压缩和创建索引，以便于hmmscan搜索使用 +格式：hmmpress [-options] +输入：hmm格式的文件 +输出：可获得H3F格式的文件，H3I格式的文件，H3M格式的文件，H3P格式的文件 + diff --git a/file_keep/chart/file/5140430432021117 b/file_keep/chart/file/5140430432021117 new file mode 100644 index 0000000..6b6eb82 --- /dev/null +++ b/file_keep/chart/file/5140430432021117 @@ -0,0 +1,45 @@ +# blast + +## 建立数据库 + +```shell +makeblastdb -in Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa -dbtype nucl -out TAIR10 -parse_seqids + +-in # 输入文件 +-dbtype # 类型 nucl 核酸 prot 蛋白 +-out # 输出文件位置和名字 +-parse_seqids # +``` + +## 比对 + +``` +blastn +``` + +-query: 检索文件 + +-query_loc : 指定检索的位置 + +-strand： 搜索正义链还是反义链，还是都要 + +out : 输出文件 + +-remote： 可以用NCBI的远程数据库， 一般与 -db nr + +-evalue 科学计数法，比如说1e3，定义期望值阈值。E值表明在随机的情况下，其它序列与 + + + + + + + + + + + + + +### 比对 + diff --git a/templates/chart/Basic.html b/templates/chart/Basic.html index cbf7c9b..d5f61dc 100644 --- a/templates/chart/Basic.html +++ b/templates/chart/Basic.html @@ -208,7 +208,6 @@ function run() { if (f === 1) { - lodeing(); $.ajax({ url: url_ip + "/chart/{{ name }}_run", cache: false, @@ -219,6 +218,7 @@ }, success: function (res) { + console.log("run") k = k + 1; $("#img_box").empty() var L = 'aa';