HMMER： 在线使用：https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/phmmer 下载：http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip（将网址放在迅雷网盘进行下载，该文件含有readme.txt可参考使用） 功能：用于搜索同源蛋白序列以及蛋白序列对位排序，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度和更高的搜索速度，HMMER的程序如下，注意每个程序都是输出文件在前面，输入文件在后面 phmmer:功能：与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库 格式：phmmer [-options] 输入：你要检测的fasta格式的序列和你要搜索的数据库 输出匹配的序列和特征：含有score,Taxonomy,Domain,Download 参数：输入的文件格式为fasta格式，蛋白质序列库常用的包括Reference Proteomes,UniProtKB,SwissProt,PDB,Ensembl,输出格式包括tblout、domtblout等，蛋白质数据库需要下载 jackhmmer:功能：与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库 格式：jackhmmer [-options] 输入：你要检测的fasta格式的序列和你要搜索的数据库 输出：匹配的序列及特征，含有score,Taxonomy,Domain,Download 参数：输入的文件格式为fasta格式，蛋白质序列库常用的有Reference Proteomes,UniProtKB,SwissProt,PDB,Ensembl，蛋白质数据库需要下载 hmmalign:功能 多重序列比对 格式： hmmalign [-options] 输入：输入是fasta文件 输出：Stockholm 格式的多重序列比对文件 参数：输入文件序列格式包括FASTA、EMBL、GenBank、UniProt 输出比对文件格式包括Stockholm、Pfam、A2M、PSIBLAST hmmbuild:功能：建立参考数据的隐马尔可科夫模型 格式： hmmbuild [-options] 输入：多重序列比对的文件（Stockholm file） 输出：建立的这些多重序列比对的隐马尔可科夫模型 参数：输入文件支持很多生物数据格式如：CLUSTALW, SELEX, GCG MSF 输出文件命名时的后缀为.hmm hmmscan:使用序列搜索HMM库 格式： hmmscan [-options] 输入：hmm数据库和查询序列文件 输出：含有Score和Download，hmm数据库所匹配的序列 参数：HMM数据库有Pfam,TIGRFAM,Gene3D,Superfamily,PIRSF,TreeFam hmmsearch:功能：在数据库中寻找已经建立好的模体） 格式： hmmsearch [options] 输入：建立好的参考数据模型、要搜索的数据库 输出：输出结果 参数：比较序列文件可以是FASTA、EMBL/UniProt、Genbank格式 输出选项： -o：直接输出结果到文件，不是标准输出 --tblout：tblout格式输出 --domtblout：domtblout格式输出 --pfamtblout：pfamtblout格式输出 输出结果中分为两类，一类是针对序列的（full sequence），另一类是针对domain的（主要基于一条序列存在多个domain）。 结果按照E-values值从小到大排序，形式与blast类似。 其中target name是每个目标序列的名称； query name是查询序列的名称； score是比对得分，分值越高说明越相似； E-value目标序列的期望值（统计意义）； 最重要的是E-value值，值越小，越可信，相当于一个统计量。 hmmsim：功能没找到 格式： hmmsim [-options] 输入：hmm格式的文件 输出：以sequence为名的一行（2.out） hmmstat:显示HMM数据库的统计信息 格式： hmmstat [-options] 输入：hmm格式的文件 输出：有idx为名的那一行，含有name,accession,nseq,eff_nseq,M,relent,info,p relE,compKL 输出显示：# hmmstat :: display summary statistics for a profile file # HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/ # Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute. # Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3). # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # idx name accession nseq eff_nseq M relent info p relE compKL # ---- -------------------- ------------ -------- -------- ------ ------ ------ ------ ------ 1 sequence - 1 0.39 172 0.59 0.59 0.51 0.03 hmmconvert:功能：转换HMM格式 格式：hmmconvert [-options] 输入：hmm格式的文件 输出：hmm格式转换后的文件 hmmemit:功能：从HMM模型中，得到一个模式序列 格式： hmmemit [-options] 输入：hmm格式的文件 输出：模式序列 输出显示：>sequence-sample1 IQYNNDSKLYLSLTRGVFKSSKVLAQVSKPPGIDTGTIHTTRRKRIVVDSETKSHELLDT AGDRYFSFDDYLRRATTLVFLFALNRLRHFRKRNTLCEKIMELHGGDNFPNMLVKSEVSD QISELDSEQCSLKPLGNAYKIPHVLAGNDVSKENDTGVLQLVRTIRQYIVRTGP hmmfetch:功能：通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型 格式： hmmfetch [options] (retrieves HMM named ) hmmfetch [options] -f (retrieves all HMMs in ) hmmfetch [options] --index (indexes ) 输入：hmm文件和HMM模型的名字或接受号 输出：为这个名字或接受号的HMM模型 hmmpress:格式化HMM数据库，包括压缩和创建索引，以便于hmmscan搜索使用 格式：hmmpress [-options] 输入：hmm格式的文件 输出：可获得H3F格式的文件，H3I格式的文件，H3M格式的文件，H3P格式的文件