# blast

## 建立数据库

```shell
makeblastdb -in Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa -dbtype nucl -out TAIR10 -parse_seqids

-in # 输入文件
-dbtype # 类型 nucl 核酸 prot 蛋白
-out # 输出文件位置和名字
-parse_seqids  # 
```

## 比对

```
blastn
```

-query: 检索文件

-query_loc : 指定检索的位置

-strand： 搜索正义链还是反义链，还是都要

out : 输出文件

-remote： 可以用NCBI的远程数据库， 一般与 -db nr

-evalue 科学计数法，比如说1e3，定义期望值阈值。E值表明在随机的情况下，其它序列与













### 比对