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debug
This commit is contained in:
Haoyu Cheng
@@ -228,6 +228,386 @@ inline int Reserve_Banded_BPM
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}
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inline int Reserve_Banded_BPM_PATH
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(char *pattern, int p_length, char *text, int t_length, unsigned short errthold,
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unsigned int* return_err, int* return_start_site, int* return_path_length, Word* matrix_bit, char* path)
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{
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(*return_err) = (unsigned int)-1;
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Word Peq[256];
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int band_length = (errthold << 1) + 1;
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int i = 0;
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Word tmp_Peq_1 = (Word)1;
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Peq['A'] = (Word)0;
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Peq['T'] = (Word)0;
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Peq['G'] = (Word)0;
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Peq['C'] = (Word)0;
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Word Peq_A;
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Word Peq_T;
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Word Peq_C;
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Word Peq_G;
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///band_length = 2k + 1
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for (i = 0; i<band_length; i++)
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{
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Peq[pattern[i]] = Peq[pattern[i]] | tmp_Peq_1;
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tmp_Peq_1 = tmp_Peq_1 << 1;
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}
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///Peq['T'] = Peq['T'] | Peq['C'];
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Peq_A = Peq['A'];
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Peq_C = Peq['C'];
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Peq_T = Peq['T'];
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Peq_G = Peq['G'];
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memset(Peq, 0, sizeof(Word)* 256);
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Peq['A'] = Peq_A;
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Peq['C'] = Peq_C;
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Peq['T'] = Peq_T;
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Peq['G'] = Peq_G;
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Word Mask = ((Word)1 << (errthold << 1));
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Word VP = 0;
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Word VN = 0;
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Word X = 0;
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Word D0 = 0;
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Word HN = 0;
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Word HP = 0;
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i = 0;
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Word column_start;
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int err = 0;
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Word err_mask = (Word)1;
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///band_down = 2k
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///i_bd = 2k
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///int i_bd = i + band_down;
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int i_bd = (errthold << 1);
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int last_high = (errthold << 1);
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/// t_length_1 = SEQ_LENGTH - 1
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int t_length_1 = t_length - 1;
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//while(i<t_length)
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while (i<t_length_1)
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{
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///pattern[0]ÔÚPeq[2k], ¶øpattern[2k]ÔÚPeq[0]
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X = Peq[text[i]] | VN;
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D0 = ((VP + (X&VP)) ^ VP) | X;
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HN = VP&D0;
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HP = VN | ~(VP | D0);
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X = D0 >> 1;
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VN = X&HP;
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VP = HN | ~(X | HP);
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if (!(D0&err_mask))
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{
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++err;
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///¼´Ê¹È«²¿µÝ¼õ£¬Ò²¾Í¼õ2k
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if ((err - last_high)>errthold)
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{
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///fprintf(stderr, "0 ######, i: %u\n", i);
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return -1;
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}
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}
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Peq['A'] = Peq['A'] >> 1;
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Peq['C'] = Peq['C'] >> 1;
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Peq['G'] = Peq['G'] >> 1;
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Peq['T'] = Peq['T'] >> 1;
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++i;
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++i_bd;
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Peq[pattern[i_bd]] = Peq[pattern[i_bd]] | Mask;
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///Peq['T'] = Peq['T'] | Peq['C'];
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column_start = i << 3;
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matrix_bit[column_start] = D0;
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matrix_bit[column_start + 1] = VP;
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||||
matrix_bit[column_start + 2] = VN;
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||||
matrix_bit[column_start + 3] = HP;
|
||||
matrix_bit[column_start + 4] = HN;
|
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}
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X = Peq[text[i]] | VN;
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D0 = ((VP + (X&VP)) ^ VP) | X;
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HN = VP&D0;
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||||
HP = VN | ~(VP | D0);
|
||||
X = D0 >> 1;
|
||||
VN = X&HP;
|
||||
VP = HN | ~(X | HP);
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||||
if (!(D0&err_mask))
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||||
{
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++err;
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||||
if ((err - last_high)>errthold)
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return -1;
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}
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column_start = (i + 1) << 3;
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||||
matrix_bit[column_start] = D0;
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||||
matrix_bit[column_start + 1] = VP;
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||||
matrix_bit[column_start + 2] = VN;
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||||
matrix_bit[column_start + 3] = HP;
|
||||
matrix_bit[column_start + 4] = HN;
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||||
////fprintf(stderr, "sucess(2)\n");
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/// last_high = 2k
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/// site = (SEQ_LENGTH + 2k) - 2k -1
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/// site = SEQ_LENGTH - 1
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///int site = p_length - last_high - 1;
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||||
int site = t_length - 1;
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||||
int return_site = -1;
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||||
if ((err <= errthold) && (err<=*return_err))
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{
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||||
*return_err = err;
|
||||
return_site = site;
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||||
}
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int i_last = i;
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i = 0;
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while (i<errthold)
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{
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err = err + ((VP >> i)&(Word)1);
|
||||
err = err - ((VN >> i)&(Word)1);
|
||||
++i;
|
||||
|
||||
if ((err <= errthold) && (err <= *return_err))
|
||||
{
|
||||
*return_err = err;
|
||||
return_site = site + i;
|
||||
}
|
||||
}
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unsigned int ungap_err;
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ungap_err = err;
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while (i<last_high)
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{
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||||
err = err + ((VP >> i)&(Word)1);
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||||
err = err - ((VN >> i)&(Word)1);
|
||||
++i;
|
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|
||||
if ((err <= errthold) && (err<=*return_err))
|
||||
{
|
||||
*return_err = err;
|
||||
return_site = site + i;
|
||||
}
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|
||||
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||||
}
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if ((ungap_err <= errthold) && (ungap_err == *return_err))
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{
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||||
return_site = site + errthold;
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||||
}
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||||
if ((*return_err) == (unsigned int)-1)
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{
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return return_site;
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}
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///end_site是正确的
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int end_site = return_site;
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int start_site = end_site;
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///这个是各个bit-vector里面，end_site对应bit所在的位置
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||||
int back_track_site = band_length - (p_length - end_site);
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||||
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Word v_value, h_value, delta_value, min_value, current_value;
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||||
Word direction, is_mismatch; ///0 is match, 1 is mismatch, 2 is up, 3 is left
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||||
///代表pattern到哪了，就是短的那个到哪了
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i = t_length;
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int path_length = 0;
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||||
///到0就结束了，后面的路径可以直接match
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current_value = *return_err;
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int low_bound = band_length - 1;
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while (i>0)
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{
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||||
if (current_value == 0)
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||||
{
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||||
break;
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||||
}
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||||
column_start = i << 3;
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||||
delta_value = current_value -
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||||
((~(matrix_bit[column_start] >> back_track_site))&err_mask);
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||||
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||||
|
||||
if (back_track_site == 0)
|
||||
{
|
||||
///HP
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||||
h_value = current_value - ((matrix_bit[column_start + 3] >> back_track_site)&err_mask);
|
||||
//HN
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||||
h_value = h_value + ((matrix_bit[column_start + 4] >> back_track_site)&err_mask);
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||||
|
||||
|
||||
min_value = delta_value;
|
||||
direction = 0;
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||||
|
||||
if (h_value < min_value)
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||||
{
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||||
min_value = h_value;
|
||||
direction = 3;
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||||
}
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||||
|
||||
}
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||||
else if (back_track_site == low_bound)
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||||
{
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||||
v_value = current_value - ((matrix_bit[column_start + 1] >> (back_track_site - 1))&err_mask);
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||||
v_value = v_value + ((matrix_bit[column_start + 2] >> (back_track_site - 1))&err_mask);
|
||||
|
||||
min_value = delta_value;
|
||||
direction = 0;
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||||
|
||||
if (v_value < min_value)
|
||||
{
|
||||
min_value = v_value;
|
||||
direction = 2;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
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||||
else
|
||||
{
|
||||
|
||||
h_value = current_value - ((matrix_bit[column_start + 3] >> back_track_site)&(Word)1);
|
||||
|
||||
|
||||
h_value = h_value + ((matrix_bit[column_start + 4] >> back_track_site)&(Word)1);
|
||||
|
||||
|
||||
v_value = current_value - ((matrix_bit[column_start + 1] >> (back_track_site - 1))&err_mask);
|
||||
v_value = v_value + ((matrix_bit[column_start + 2] >> (back_track_site - 1))&err_mask);
|
||||
|
||||
|
||||
min_value = delta_value;
|
||||
direction = 0;
|
||||
|
||||
if (v_value < min_value)
|
||||
{
|
||||
min_value = v_value;
|
||||
direction = 2;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if (h_value < min_value)
|
||||
{
|
||||
min_value = h_value;
|
||||
direction = 3;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if (direction == 0)
|
||||
{
|
||||
|
||||
if (delta_value != current_value)
|
||||
{
|
||||
direction = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
i--;
|
||||
|
||||
start_site--;
|
||||
|
||||
}
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||||
if (direction == 2)///ru guo xiang shang yi dong, bing bu huan lie
|
||||
{
|
||||
back_track_site--;
|
||||
start_site--;
|
||||
}
|
||||
else if (direction == 3)///ru guo xiang zuo yi dong
|
||||
{
|
||||
i--;
|
||||
back_track_site++;
|
||||
}
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||||
|
||||
|
||||
path[path_length++] = direction;
|
||||
|
||||
|
||||
current_value = min_value;
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||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if (i > 0)
|
||||
{
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||||
memset(path + path_length, 0, i);
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||||
start_site = start_site - i;
|
||||
direction = 0;
|
||||
path_length = path_length + i;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (direction != 3)
|
||||
{
|
||||
start_site++;
|
||||
}
|
||||
(*return_start_site) = start_site;
|
||||
(*return_path_length) = path_length;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
return return_site;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
inline int Reserve_Banded_BPM_4_SSE_only(char *pattern1, char *pattern2, char *pattern3, char *pattern4, int p_length, char *text, int t_length,
|
||||
int* return_sites, unsigned int* return_sites_error, unsigned short errthold, __m128i* Peq_SSE)
|
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