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synced 2026-09-25 15:08:11 +08:00
fix bugs
This commit is contained in:
Haoyu Cheng
+294
-6
@@ -5065,7 +5065,7 @@ ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen)
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||||
int asg_arc_del_short_false_link(asg_t *g, float drop_ratio, float o_drop_ratio, int max_dist,
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ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen, int is_drop)
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ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen)
|
||||
{
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||||
double startTime = Get_T();
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@@ -5090,8 +5090,6 @@ ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen, int is_drop)
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||||
for (v = 0; v < n_vtx; ++v)
|
||||
{
|
||||
if(is_drop && g->seq[v>>1].c) continue;
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if(g->seq_vis[v] == 0)
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{
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||||
asg_arc_t *av = asg_arc_a(g, v);
|
||||
@@ -5355,6 +5353,296 @@ ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen, int is_drop)
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
int asg_arc_del_short_false_link_primary(asg_t *g, float drop_ratio, float o_drop_ratio, int max_dist,
|
||||
ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen)
|
||||
{
|
||||
double startTime = Get_T();
|
||||
|
||||
kvec_t(uint64_t) b;
|
||||
memset(&b, 0, sizeof(b));
|
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|
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kvec_t(uint32_t) b_f;
|
||||
memset(&b_f, 0, sizeof(b_f));
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kvec_t(uint32_t) b_r;
|
||||
memset(&b_r, 0, sizeof(b_r));
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||||
uint32_t v, w, n_vtx = g->n_seq * 2, n_cut = 0;
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uint32_t sink;
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buf_t bub;
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if (!g->is_symm) asg_symm(g);
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memset(&bub, 0, sizeof(buf_t));
|
||||
bub.a = (binfo_t*)calloc(n_vtx, sizeof(binfo_t));
|
||||
|
||||
for (v = 0; v < n_vtx; ++v)
|
||||
{
|
||||
if(g->seq[v>>1].c) continue;
|
||||
|
||||
if(g->seq_vis[v] == 0)
|
||||
{
|
||||
asg_arc_t *av = asg_arc_a(g, v);
|
||||
uint32_t nv = asg_arc_n(g, v);
|
||||
if(nv == 1 && asg_arc_n(g, v^1) == 1) continue;
|
||||
|
||||
uint64_t t_ol = 0;
|
||||
long long i;
|
||||
for (i = 0; i < nv; ++i)
|
||||
{
|
||||
t_ol += av[i].ol;
|
||||
}
|
||||
kv_push(uint64_t, b, (uint64_t)(t_ol << 32 | v));
|
||||
}
|
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}
|
||||
|
||||
radix_sort_arch64(b.a, b.a + b.n);
|
||||
|
||||
uint32_t min_edge;
|
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|
||||
|
||||
uint64_t k, t;
|
||||
for (k = 0; k < b.n; k++)
|
||||
{
|
||||
///v is the node
|
||||
v = (uint32_t)b.a[k];
|
||||
if (g->seq[v>>1].del) continue;
|
||||
uint32_t nv = asg_arc_n(g, v), nw, to_del_l, to_del_r;
|
||||
if (nv < 2) continue;
|
||||
uint32_t kv = get_real_length(g, v, NULL), kw;
|
||||
if (kv < 2) continue;
|
||||
uint32_t i;
|
||||
asg_arc_t *av = asg_arc_a(g, v), *aw;
|
||||
|
||||
b_f.n = 0;
|
||||
b_r.n = 0;
|
||||
to_del_l = 0;
|
||||
for (i = 0; i < nv; i++)
|
||||
{
|
||||
if (av[i].del) continue;
|
||||
|
||||
w = av[i].v^1;
|
||||
nw = asg_arc_n(g, w);
|
||||
if(nw < 2) break;
|
||||
kw = get_real_length(g, w, NULL);
|
||||
if(kw < 2) break;
|
||||
|
||||
kv_push(uint32_t, b_f, av[i].v);
|
||||
kv_push(uint32_t, b_r, w);
|
||||
|
||||
aw = asg_arc_a(g, w);
|
||||
min_edge = (u_int32_t)-1;
|
||||
for (t = 0; t < nw; t++)
|
||||
{
|
||||
if(aw[t].del) continue;
|
||||
if((aw[t].v>>1) == (v>>1)) continue;
|
||||
if(aw[t].ol < min_edge) min_edge = aw[t].ol;
|
||||
///kv_push(uint32_t, b_r, aw[t].v);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(av[i].ol < min_edge * drop_ratio) to_del_l++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/****************************may have bugs********************************/
|
||||
if(to_del_l != kv)
|
||||
{
|
||||
b_f.n = 0;
|
||||
b_r.n = 0;
|
||||
to_del_l = 0;
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < nv; i++)
|
||||
{
|
||||
if (av[i].del) continue;
|
||||
|
||||
w = av[i].v^1;
|
||||
nw = asg_arc_n(g, w);
|
||||
if(nw < 2) break;
|
||||
kw = get_real_length(g, w, NULL);
|
||||
if(kw < 2) break;
|
||||
|
||||
kv_push(uint32_t, b_f, av[i].v);
|
||||
kv_push(uint32_t, b_r, w);
|
||||
|
||||
aw = asg_arc_a(g, w);
|
||||
min_edge = (u_int32_t)-1;
|
||||
for (t = 0; t < nw; t++)
|
||||
{
|
||||
if(aw[t].del) continue;
|
||||
if((aw[t].v>>1) == (v>>1)) continue;
|
||||
if(aw[t].ol < min_edge) min_edge = aw[t].ol;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(av[i].ol < min_edge * o_drop_ratio) to_del_l++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(to_del_l == kv)
|
||||
{
|
||||
///forward
|
||||
to_del_l = 1;
|
||||
for (i = 1; i < b_f.n; i++)
|
||||
{
|
||||
if(check_if_diploid_primary(b_f.a[0], b_f.a[i], g, reverse_sources, miniedgeLen) == 1)
|
||||
{
|
||||
to_del_l++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
///backward
|
||||
if(to_del_l != kv && b_r.n >= 2)
|
||||
{
|
||||
to_del_l = 0;
|
||||
uint32_t w0 = 0, w1 = 0;
|
||||
|
||||
|
||||
w = b_r.a[0];
|
||||
kw = get_real_length(g, w, NULL);
|
||||
if(kw != 2) goto terminal;
|
||||
aw = asg_arc_a(g, w);
|
||||
nw = asg_arc_n(g, w);
|
||||
for (t = 0; t < nw; t++)
|
||||
{
|
||||
if(aw[t].del) continue;
|
||||
if((aw[t].v>>1) == (v>>1)) continue;
|
||||
w0 = aw[t].v;
|
||||
}
|
||||
to_del_l = 1;
|
||||
|
||||
|
||||
for (i = 1; i < b_r.n; i++)
|
||||
{
|
||||
w = b_r.a[i];
|
||||
kw = get_real_length(g, w, NULL);
|
||||
if(kw != 2) goto terminal;
|
||||
aw = asg_arc_a(g, w);
|
||||
nw = asg_arc_n(g, w);
|
||||
for (t = 0; t < nw; t++)
|
||||
{
|
||||
if(aw[t].del) continue;
|
||||
if((aw[t].v>>1) == (v>>1)) continue;
|
||||
w1 = aw[t].v;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(check_if_diploid_primary(w0, w1, g, reverse_sources, miniedgeLen) == 1)
|
||||
{
|
||||
to_del_l++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
terminal:
|
||||
/****************************may have bugs********************************/
|
||||
|
||||
|
||||
if(to_del_l != kv) continue;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
uint32_t convex1;
|
||||
long long l1;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
////forward bubble
|
||||
to_del_l = 0;
|
||||
for (i = 0; i < b_f.n; i++)
|
||||
{
|
||||
if(b_f.a[i] == b_f.a[0])
|
||||
{
|
||||
to_del_l = 1;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
to_del_l = 0;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
//check the length
|
||||
if(to_del_l == 0 && asg_bub_end_finder_with_del_advance(g,
|
||||
b_f.a, b_f.n, max_dist, &bub, 0, (u_int32_t)-1, &sink)==1)
|
||||
{
|
||||
to_del_l = 1;
|
||||
}
|
||||
if(to_del_l == 0 && detect_mul_bubble_end_with_bubbles(g, b_f.a, b_f.n, &convex1, &l1, NULL))
|
||||
{
|
||||
to_del_l = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
////backward bubble
|
||||
to_del_r = 0;
|
||||
for (i = 0; i < b_r.n; i++)
|
||||
{
|
||||
if(b_r.a[i] == b_r.a[0])
|
||||
{
|
||||
to_del_r = 1;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
to_del_r = 0;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(to_del_r == 0 && asg_bub_end_finder_with_del_advance
|
||||
(g, b_r.a, b_r.n, max_dist, &bub, 1, v^1, &sink)==1)
|
||||
{
|
||||
to_del_r = 1;
|
||||
}
|
||||
if(to_del_r == 0 && detect_mul_bubble_end_with_bubbles(g, b_r.a, b_r.n, &convex1, &l1, NULL))
|
||||
{
|
||||
to_del_r = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
if (to_del_l && to_del_r)
|
||||
{
|
||||
for (i = 0; i < nv; ++i)
|
||||
{
|
||||
if (av[i].del) continue;
|
||||
++n_cut;
|
||||
av[i].del = 1;
|
||||
asg_arc_del(g, av[i].v^1, av[i].ul>>32^1, 1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
free(b.a); free(b_f.a); free(b_r.a);
|
||||
free(bub.a); free(bub.S.a); free(bub.T.a); free(bub.b.a); free(bub.e.a);
|
||||
if (n_cut)
|
||||
{
|
||||
asg_cleanup(g);
|
||||
asg_symm(g);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(VERBOSE >= 1)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr, "[M::%s] removed %u false overlaps\n", __func__, n_cut);
|
||||
fprintf(stderr, "[M::%s] takes %0.2f s\n\n", __func__, Get_T()-startTime);
|
||||
}
|
||||
return n_cut;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int asg_arc_del_short_false_link_advance(asg_t *g, float drop_ratio, float o_drop_ratio, int max_dist,
|
||||
ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen)
|
||||
{
|
||||
@@ -8523,7 +8811,7 @@ ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen)
|
||||
|
||||
|
||||
asg_arc_identify_simple_bubbles_multi(sg, 1);
|
||||
asg_arc_del_short_false_link(sg, 0.6, 0.85, bubble_dist, reverse_sources, MAX_SHORT_TIPS, 0);
|
||||
asg_arc_del_short_false_link(sg, 0.6, 0.85, bubble_dist, reverse_sources, MAX_SHORT_TIPS);
|
||||
|
||||
///asg_arc_del_self_circle_untig(sg, circleLen);
|
||||
|
||||
@@ -8588,7 +8876,7 @@ ma_hit_t_alloc* reverse_sources, long long miniedgeLen)
|
||||
|
||||
asg_arc_identify_simple_bubbles_multi(sg, 1);
|
||||
///we don't need a special function here since it just removes edges instead of nodes
|
||||
asg_arc_del_short_false_link(sg, 0.6, 0.85, bubble_dist, reverse_sources, MAX_SHORT_TIPS, 1);
|
||||
asg_arc_del_short_false_link_primary(sg, 0.6, 0.85, bubble_dist, reverse_sources, MAX_SHORT_TIPS);
|
||||
|
||||
|
||||
ma_ug_t *ug = NULL;
|
||||
@@ -9062,7 +9350,7 @@ long long bubble_dist, int read_graph, int write)
|
||||
asg_cut_tip(sg, MAX_SHORT_TIPS);
|
||||
|
||||
asg_arc_identify_simple_bubbles_multi(sg, 1);
|
||||
asg_arc_del_short_false_link(sg, 0.6, 0.85, bubble_dist, reverse_sources, MAX_SHORT_TIPS, 0);
|
||||
asg_arc_del_short_false_link(sg, 0.6, 0.85, bubble_dist, reverse_sources, MAX_SHORT_TIPS);
|
||||
|
||||
asg_arc_identify_simple_bubbles_multi(sg, 1);
|
||||
asg_arc_del_complex_false_link(sg, 0.6, 0.85, bubble_dist, reverse_sources, MAX_SHORT_TIPS);
|
||||
|
||||
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