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# blast
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## 建立数据库
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```shell
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makeblastdb -in Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa -dbtype nucl -out TAIR10 -parse_seqids
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-in # 输入文件
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-dbtype # 类型 nucl 核酸 prot 蛋白
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-out # 输出文件位置和名字
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-parse_seqids #
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## 比对
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```
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blastn
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```
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-query: 检索文件
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-query_loc : 指定检索的位置
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-strand： 搜索正义链还是反义链，还是都要
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out : 输出文件
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-remote： 可以用NCBI的远程数据库， 一般与 -db nr
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-evalue 科学计数法，比如说1e3，定义期望值阈值。E值表明在随机的情况下，其它序列与
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### 比对
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