xxay/hifiasm
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/chhylp123/hifiasm.git synced 2026-10-02 02:08:12 +08:00
Code Issues Packages Projects Releases Wiki Activity

bug fixed for memory leak

Browse Source
This commit is contained in:
chhylp123
2026-02-12 16:47:32 -05:00
parent 67877deed3
commit 53e1b150c3
4 changed files with 43 additions and 6 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files
CommandLines.h
+1 -1
View File
@@ -5,7 +5,7 @@
#include <pthread.h>
#include <stdint.h>
#define HA_VERSION "0.25.0-r853"
#define HA_VERSION "0.25.0-r856"
#define VERBOSE 0
Correct.cpp
+2 -2
View File
@@ -20731,9 +20731,9 @@ uint64_t gen_hc_fast_cigar0(overlap_region *z, Candidates_list *cl, uint64_t wl,
///debug for memory
// snprintf(NULL, 0, "dwn::%u\tdcn::%u", (uint32_t)aux_o->w_list.n, (uint32_t)aux_o->w_list.c.n);
// fprintf(stderr, "[M::%s::rid->%ld] utg%.6dl(%c), z::[%u, %u)\n",
// __func__, rid, (int32_t)z->y_id+1, "+-"[z->y_pos_strand], z->x_pos_s, z->x_pos_e+1);
// fprintf(stderr, "+[M::%s::qid->%ld::tid->%u]\n", __func__, rid, z->y_id);
aux_o->w_list.n = aux_o->w_list.c.n = 0;
// fprintf(stderr, "-[M::%s::qid->%ld::tid->%u]\n", __func__, rid, z->y_id);
aux_o->y_id = z->y_id; aux_o->y_pos_strand = z->y_pos_strand;
aux_o->x_pos_s = z->x_pos_s; aux_o->x_pos_e = z->x_pos_e;
aux_o->y_pos_s = z->y_pos_s; aux_o->y_pos_e = z->y_pos_e;
ecovlp.cpp
+39 -3
View File
@@ -20,6 +20,13 @@
#define RES_W 19
#define HC0_W 6
#define DBG_TIME 0
typedef struct {
uint64_t fbs, faln;
double chn_tm, aln_tm, phs_tm, cns_tm;
} dbg_cnt_ss;
dbg_cnt_ss *dbg_a = NULL;
KDQ_INIT(uint32_t)
typedef struct {
@@ -277,8 +284,10 @@ overlap_region *fetch_aux_ovlp(overlap_region_alloc* o, overlap_region **aux) //
// if(ol->length + 1 >= ol->size) {
// fprintf(stderr, "[M::%s] length::%lu, size::%lu\n", __func__, ol->length, ol->size);
// }
if(aux) (*aux) = &(o->list[o->length+2]);
return &(o->list[o->length+1]);
// if(aux) (*aux) = &(o->list[o->length+2]);
// return &(o->list[o->length+1]);
if(aux) (*aux) = &(o->list[o->length+1]);
return &(o->list[o->length]);
}
typedef struct {
@@ -3735,7 +3744,28 @@ static void worker_hap_ec(void *data, long i, int tid)
overlap_region *aux_o = NULL/**, *rse_o = NULL**/; asg64_v buf0; uint32_t qlen = 0, qw = 0;
b->v8q.n = b->v8t.n = 0;
// if((i != 733166) && (i != 858708) && (i != 858732) && (i != 859819) && (i != 859899) && (i != 863486) && (i != 872165) && (i != 899887) && (i != 902298) &&
// (i != 906808) && (i != 946173) && (i != 952685) && (i != 983977) && (i != 1000227) && (i != 1011228) && (i != 1042858) && (i != 1045860) && (i != 1118558) &&
// (i != 1143886) && (i != 1155956) && (i != 1159490) && (i != 1179151) && (i != 1180199) && (i != 1230524) && (i != 1232338) && (i != 1244031) && (i != 1268467) &&
// (i != 1288505) && (i != 1311559) && (i != 1311639) && (i != 1321349) && (i != 1324262) && (i != 1342272) && (i != 1355560) && (i != 1384437) && (i != 1397085) &&
// (i != 1413259) && (i != 1439382) && (i != 1450866) && (i != 1456019) && (i != 1456201) && (i != 1456432) && (i != 1456601) && (i != 1456762) && (i != 1456842) &&
// (i != 1456856) && (i != 1456902) && (i != 1457036) && (i != 1457092) && (i != 1457183) && (i != 1457207) && (i != 1458806) && (i != 1458843) && (i != 1459234) &&
// (i != 1460641) && (i != 1460721) && (i != 1462541) && (i != 1463555) && (i != 1464608) && (i != 1528392) && (i != 1561025) && (i != 1564625) && (i != 1605328) && (i != 1721621)){
// return;
// }
// if((i != 733166) && (i != 858708) && (i != 858796) && (i != 859819) && (i != 859899) && (i != 863486) && (i != 872165) && (i != 899887) && (i != 902298) &&
// (i != 906808) && (i != 946173) && (i != 952685) && (i != 983977) && (i != 1000227) && (i != 1011228) && (i != 1042858) && (i != 1045860) && (i != 1118558) &&
// (i != 1143886) && (i != 1155956) && (i != 1159490) && (i != 1179151) && (i != 1180199) && (i != 1230524) && (i != 1232338) && (i != 1244031) && (i != 1268467) &&
// (i != 1288505) && (i != 1311559) && (i != 1311639) && (i != 1321349) && (i != 1324262) && (i != 1342272) && (i != 1355560) && (i != 1384437) && (i != 1397085) &&
// (i != 1413323) && (i != 1439382) && (i != 1450866) && (i != 1456019) && (i != 1456201) && (i != 1456432) && (i != 1456601) && (i != 1456762) && (i != 1456842) &&
// (i != 1456856) && (i != 1456902) && (i != 1457036) && (i != 1457092) && (i != 1457183) && (i != 1457207) && (i != 1458806) && (i != 1458843) && (i != 1459234) &&
// (i != 1460641) && (i != 1460721) && (i != 1462541) && (i != 1463555) && (i != 1464608) && (i != 1528392) && (i != 1561025) && (i != 1564625) && (i != 1605328) && (i != 1721621)) {
// return;
// }
// if(i < 1230524) return;
// fprintf(stderr, "+[M::%s]\trid::%ld\t%.*s\n", __func__, i, (int)Get_NAME_LENGTH(R_INF, i), Get_NAME(R_INF, i));
// 25e396cf-a58d-4f67-a391-33f36fb3891f 0 48396 id:i:1477155
// 8583bdfa-f38f-4976-be74-2357e1905852 0 43608 id:i:2857459
@@ -3948,6 +3978,7 @@ static void worker_hap_ec(void *data, long i, int tid)
/**
fprintf(stderr, "%ld\t---\n", i);
**/
//fprintf(stderr, "-[M::%s]\trid::%ld\t%.*s\n", __func__, i, (int)Get_NAME_LENGTH(R_INF, i), Get_NAME(R_INF, i));
}
static void worker_hap_ec_hybrid(void *data, long i, int tid)
@@ -6949,6 +6980,11 @@ void write_ec_reads(const char *suffix_ou)
fclose(ou); destory_UC_Read(&qstr); destory_UC_Read(&tstr);
}
// dbg_cnt_ss* gen_dbg_cnt_ss(uint64_t n_a)
// {
// dbg_cnt_ss *p = NULL; CALLOC(p, n_a);
// return p;
// }
void cal_ec_r(uint64_t n_thre, uint64_t round, uint64_t n_round, uint64_t n_a, uint64_t is_sv, uint64_t *tot_b, uint64_t *tot_e)
{
@@ -6960,7 +6996,7 @@ void cal_ec_r(uint64_t n_thre, uint64_t round, uint64_t n_round, uint64_t n_a, u
ec_ovec_buf_t *b = NULL; uint64_t k, is_cr = (round&1);
(*tot_b) = (*tot_e) = 0;
// if(DBG_TIME) dbg_a = gen_dbg_cnt_ss(n_a);
b = gen_ec_ovec_buf_t(n_thre);
(*tot_e) += cal_ec_multiple(b, n_thre, n_a, tot_b); ///exit(1);
sl_ec_r(n_thre, n_a);
main.cpp
+1
View File
@@ -8,6 +8,7 @@
int main(int argc, char *argv[])
{
// setvbuf(stderr, NULL, _IONBF, 0);
int i, ret;
yak_reset_realtime();
init_opt(&asm_opt);