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2021-09-25 15:03:07 +08:00
parent ad40d66c70
commit 77406e40a3
4 changed files with 137 additions and 3 deletions
@@ -0,0 +1,45 @@
+# blast
+
+## 建立数据库
+
+```shell
+makeblastdb -in Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa -dbtype nucl -out TAIR10 -parse_seqids
+
+-in # 输入文件
+-dbtype # 类型 nucl 核酸 prot 蛋白
+-out # 输出文件位置和名字
+-parse_seqids  # 
+```
+
+## 比对
+
+```
+blastn
+```
+
+-query: 检索文件
+
+-query_loc : 指定检索的位置
+
+-strand： 搜索正义链还是反义链，还是都要
+
+out : 输出文件
+
+-remote： 可以用NCBI的远程数据库， 一般与 -db nr
+
+-evalue 科学计数法，比如说1e3，定义期望值阈值。E值表明在随机的情况下，其它序列与
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+### 比对
+